| 新システム 「ナビカスタマイザー」 |
| プログラムパーツを収集しセット、プログラムRUNすると様々なスタイルになる。 ルールも設定されておりそれを破るとデメリットが発生するようになるなどする。 |
| 新トレーダー「ナンバートレーダー」 |
| 特定のナンバーを入力するとチップが出てくるという新しいトレーダーです。 ゲーム中や実際に市販されているお菓子に付いているシールから知る事ができる 8ケタのロットナンバーを入力すると、特定のチップが出てくる（ハズレもあり） |
| ライブラリコンペアシステム |
| 通信で相手とデータライブラリを比較し、登録されていないチップやプログラムアドバンスが あった場合はそれが登録される。ただし詳細は書かれず名前だけが登録され、それらは ヒグレヤの取り寄せサービスで取り寄せる事ができる。プログラムアドバンスは名前だけ… |
| 同名チップは5枚→4枚に |
| 前作まで同名チップは5枚までフォルダに入れる事が可能でしたが、今作から4枚までと なってしまい、誠に残念です。対人戦のバランスを考慮した結果だとは思いますが。 |
| PETのデザインが新しくなった！ |
| 従来使われていたPETが、アニメ版の新型PETに変更されました。 |
| 日暮屋が復活！ |
| エグゼ1で登場し、エグゼ2では休止してしまっていたチップショップ「日暮屋」が復活！ 前述のナンバートレーダーも日暮屋に置かれているぞ！ データライブラリに登録されているチップを購入できる「取り寄せサービス」システムも。 |
| メニューやフォルダ、チップのデザインが一新！ |
| メニュー画面やフォルダ画面の背景やフレームがカラフルになり、よりカッコよく！ 今まで同様にチップのイラストも書き換えられ、新鮮味は申し分なし。 |
| ロックマンのステータスに新しい項目が！ |
| 従来のロックマンのステータスは「アタック」「ラピッド」「チャージ」の3つでしたが 今作から新たに「ためうち」の項目が加わります。これはチャージショットの攻撃力を 表しています。前作のスタイルのレベル（V3等）と同じもので、ナビカスタマイザー で強化する事ができます。 |
| 新地形に「砂」と「メタル」が！ |
| 前作ではマグマ・氷・毒・マグネットがあった地形に「砂」と「メタル」が追加されました。 砂はバトルチップ「トップウ」を使用すると飛んでいく砂ぼこりでダメージを与えるようです。 その他にも移動が遅くなるというデメリットがあります。「メタル」はバトルチップによる 地形変化の効果を消してしまう、ようするに頑丈なパネルです。 |
| 「バグのかけら」が変化 |
| 前作ではバグのかけらは個数が決まっていて、インターネットで入手していました。 しかし今作からはウィルスをカウンター撃破（敵が攻撃してくる寸前に倒す）する事に より入手するようになりました。一戦闘で1体なら1コ、2体なら3コ、3体なら8コとなります。 ネットナビの場合は10コ。 |